Преподобномученик Афанасий родился около 1595–1600 гг. в небогатой православной семье. Ни о месте рождения, ни о мирском имени святого сведений не сохранилось; неизвестно также, было ли имя «Филиппович» его фамилией или отчеством. Вероятно, начальные знания Афанасий получил в одной из братских школ, где готовили высокообразованных людей, способных противостоять униатскому насилию и католическому прозелитизму. Но это не вполне его удовлетворяло, и он прошел обучение еще в Виленской иезуитской коллегии.
Службу свою в качестве домашнего наставника молодой ученый начал в домах православной и католической шляхты. Позже, положительно зарекомендовавшего себя богатыми знаниями юношу пригласил гетман Лев Сапега, канцлер Великого княжества Литовского и поручил ему воспитание некоего Дмитровича. Семь лет служил Афанасий «инспектором» лжецаревича, став таким образом невольным соучастником политической интриги против Московского Государя.
В 1627 г. он оставил двор канцлера и удалился в Виленский Свято-Духов монастырь, где вскоре принял постриг. Афанасий проходил послушание в Кутеинском монастыре под Оршей, а затем в Межигорской обители под Киевом. В 1632 г. Межигорский игумен отпустил Афанасия в Вильну, где тот был рукоположен в сан иеромонаха. Потом его направили в качестве наместника в Дубойнский монастырь под Пинском, где он провел в заботах о братии, постах и молитвах три года.
Один из ярых сторонников католического прозелитизма силой изгнал из Дубойнского монастыря православных насельников, чтобы передать обитель иезуитам, которые обосновались в Пинске. Изгнанный из святой обители, Афанасий пришел в Купятицкий монастырь. Обитель эта была основана в 1628 г. в честь явленной чудотворной иконы Божией Матери, написанной внутри креста. В 1637 г. Афанасий отправился в Москву собирать пожертвования для монастыря и искать защиты веры Православной у Московского царя. Подойдя к вратам столицы, Афанасий составил записку царю, в которой изложил бедственное положение Православной Церкви в Речи Посполитой, подробно описав все насилия и надругательства над Православием, творимые католиками, и умолял Российского Государя заступиться за русскую веру. Он также советовал царю поместить на воинских хоругвях изображение Купятицкой Божией Матери, с помощью которой ему удалось совершить столь трудное и небезопасное путешествие. В Вербное воскресение Афанасий покинул Москву с щедрыми пожертвованиями для Купятицкой церкви.
В 1640 г. братия Брестского Симеонова монастыря, лишившаяся игумена, послала в Купятицы прошение благословить к ним игуменом Афанасия Филипповича. Приняв возложенное на него новое послушание, Святой оказался в самом центре борьбы Православия с унией. Униаты не прекращали своих посягательств на веру русскую, и брестский подвижник отправился в 1641 г. в Варшаву на сейм. Но собранные на сейме православные епископы, озабоченные в первую очередь не церковными, а личными делами, не смогли помочь Брестскому игумену. Тогда он обратился к королю с официальной жалобой, требуя, «чтобы вера правдивая греческая основательно была упокоена, а уния уничтожена», грозя монарху Божией карой. Обличение это привело короля и сейм в сильнейшее раздражение. Игумена Афанасия арестовали и заключили вместе с соратником его, диаконом, в доме королевского привратника на несколько недель. Тогда св. Афанасий возложил на себя подвиг добровольного юродства, бежал из-под стражи в день празднования Благовещения Пресвятой Богородицы и, став на улице, бия себя посохом в грудь, принародно произнес проклятие унии. Вскоре его схватили и вновь посадили под арест, а после предали церковному суду. Суд временно лишил его иерейского и игуменского сана и отправил на разбирательство в Киев. Преподобный Афанасий подготовил пояснительную записку и суд постановил, что Афанасий уже искупил свой «грех» заключением, и поэтому ему даруется свобода и возвращается священнический сан. Освободив Святого, его отправили в монастырь Симеона Столпника в г. Брест.
Поскольку за св. Афанасием уже сложилась репутация ревностного борца против католичества и унии, ему все время приходилось переносить оскорбления, брань и даже побои со стороны иезуитских школьников и униатских попов. Фанатичная толпа с иезуитскими школярами во главе совершала на Симеоновский монастырь настоящие набеги. Во время богослужения они врывались в храм, разгоняли молящихся и совершали кощунственные действия. В адрес проходящего по улице православного раздавались свист и дикие крики: «га, га! русин! волк! схизматик! турко-гречин! отщепенец! наливайковец!»
Преподобный Афанасий заказал в Бернардинском монастыре копию Купятицкой иконы и поместил ее в своей келлии. В 1645 г. он был арестован и под конвоем отправлен в Варшаву в качестве заложника, а после переведен в Киев, в Печерский монастырь. Спустя три с половиной месяца после упомянутых событий скончался митрополит Петр Могила, на его погребение приехали все православные епископы Речи Посполитой, среди которых был и Луцкий иерарх Афанасий Пузына. Уезжая, он взял с собой преподобного Афанасия в качестве духовного лица. Но недолгими были мирные времена. Капитан королевской гвардии Шумский написал донос на преп. Афанасия, и он снова был арестован.
Обвиняемый на суде в том, что он порицал и проклинал унию, Афанасий громко на весь зал произнес: «Я еще на сейме пред королем Владиславом и перед всем сенатом говорил, а теперь вам то же повторяю: проклята ваша уния, и знайте, что если вы не выведете ее из государства и не успокоите Православной веры, то испытаете на себе гнев Божий!»
Зал суда был наполнен католиками и униатами, и эти слова безстрашного игумена вызвали взрыв негодования. Раздались крики: «Убить его, четвертовать, на кол посадить схизматика!» Разъяренную толпу пришлось силою выводить из зала. Судьи объявили игумена заслуживающим смертной казни. Преподобного Афанасия заковали в колодки и посадали в цейхгауз. В ночь на 5 сентября в камеру Афанасия послали студента-иезуита, чтобы в последний раз попытаться склонить игумена к измене Православию. Попытка эта не имела успеха. Тогда с мученика сняли колодки и повели к брестскому воеводе Масальскому.
Из обоза воеводы гайдуки привели мученика в соседний бор у села Гершановичи, начали пытать его огнем, принуждая отречься от Православия, а после приказали одному из присутствующих гайдуков застрелить Святого. Гайдук «видя, что это духовник и добрый его знакомый, сначала попросил у него прощения и благословения, а потом в лоб ему выстрелил...
Мученик, уже простреленный двумя пулями в лоб навылет, еще стоял, оперевшись на сосну, некоторое время в своей силе, так что приказали столкнуть его в яму. Но и там он сам повернулся лицом вверх, руки на груди накрест сложил и ноги вытянул...»
Лишь 1 мая, через восемь месяцев после этого злодейства, какой-то мальчик 7–8-ми лет показал симеоновской братии место, где лежало тело игумена. Земля в том месте не была освящена и принадлежала иезуитам. Монахи извлекли останки священномученика, перенесли их в монастырь и погребли в храме Симеона Столпника. Нетленные мощи игумена Афанасия, положенные в медной раке, стали привлекать множество богомольцев.
Спустя 10 лет после мученической кончины Брестского игумена царю Алексию Михайловичу доложили, что над мощами мученика Афанасия неоднократно сиял чудесный свет. В 1815 г. при пожаре в Симеоновской церкви расплавилась медная рака с мощами св. Афанасия, и уже на следующий день нашли частицы его мощей и положили их на оловянном блюде под алтарем монастырской трапезной церкви. Вскоре распорядились «положить мощи в ковчег и хранить оные в церкви с благоговением». В 1893 г. был возведен храм во имя святого преподобного мученика Афанасия Брестского в Гродненском Борисоглебском монастыре.
Господь многочисленными чудотворениями прославил Своего угодника. В 1856 г. помещик, возвращавшийся из-за границы, был вынужден остановиться в г. Бресте по причине неожиданной болезни своего десятилетнего сына. Мальчик был уже при смерти, и тогда отец попросил священника принести ковчежец с мощами преподобного мученика Афанасия. Умирающий ребенок прикоснулся к св. мощам и полностью исцелился. Тогда же святыню положили в позолоченную раку и установили над ней сень с изображением св. Афанасия.