Через два века после святой равноапостольной Нины, просветившей древнюю Иверию светом Христовой веры, в Грузию пришли тринадцать сирийских монахов во главе с Иоанном Зедазнийским. Среди них был и Давид, основатель древнейшей обители комплекса Давидгареджа, включающего в себя два десятка монастырей.
Комплекс находится в 65 километрах от Тбилиси, в пустынной местности Гаре Кахети, на границе с Азербайджаном. На часть монастырской территории с 1991 года претендует Азербайджан — один из монастырей комплекса, Удабно, находится на южном склоне годы, по которой проходит граница Грузии и Азербайджана.
В одной из здешних естественных пещер и поселился монах Давид.
Лавра преподобного Давида остается крупнейшим и центральным монастырем комплекса.
Несколько столетий спустя, в IX веке, Иларион Картвели построит южнее лавры преподобного Давида келью, церковь и трапезную, а также перестроит сооруженный святым основателем монастыря храм. В дальнейшем эту церковь, освященную в честь праздника Преображения Господня, благоустроил сын святого царя Давида Строителя Дмитрия. Он также известен как автор шедевра грузинской средневековой гимнографии — песнопения «Ты еси лоза виноградная».
Комплекс несколько раз подвергался разрушениям. В XI веке на него напали турки-сельджуки. После этого он был восстановлен, Лавра расширилась, были созданы еще три монастыря — Удабно, Бертубани и Чичхитури. Обитель становится крупнейшим культурно-просветительным центром Грузии, здесь действует самая известная грузинская средневековая школа живописи — гареджийская.
Годы расцвета Давидгареджи долгими не были: в XIII монастыри вновь разграблены монголами, в XIV — афганцами. В начале XV века пустынь была разорена Тамерланом.
В 1615 монастырь вновь был разорен — на этот раз персидским шахом Аббасом. Его воинами были в одну ночь убиты шестьсот монахов, собранных по всей пустыне.
В 1690 году настоятелем монастыря становится Онуфрий Мачутадзе — при нем в следующие четыре десятилетия восстанавливается Лавра, ведется активное строительство, возвращены монастырские земли.
Но в XVIII веке продолжаются набеги на обители, и ко второй половине XIX века монашеская жизнь сохраняется только в монастыре Натлисмцемели.